La stazione di Manfredonia venne inaugurata contestualmente alla linea per Foggia il 12 luglio 1885 Dato che il fabbricato era stato costruito in una zona periferica della città, da più parti venne richiesto un prolungamento della linea ferroviaria fino a raggiungere il centro di Manfredonia: solo il 1º luglio 1934 venne inaugurata la nuova tratta che terminava con un tronchino e un marciapiede e venne denominata stazione di Manfredonia Città , cambiando di conseguenza in Manfredonia Campagna il nome della stazione principale. Il 22 gennaio 1942 venne attivato anche il raccordo che conduceva al porto, e la fermata terminale prese il nome di Manfredonia Marittima . In seguito alla forte urbanizzazione della zona e all’aumento del traffico automobilistico, nel 1989 la stazione di Manfredonia Città e la tratta ferroviaria urbana vennero chiuse e Manfredonia Campagna riprese il vecchio nome di Manfredonia
Il piano schematico pubblicato (clicca sulla foto per ingrandirlo) riporta la situazione al Giugno 1985,con la linea esercitata ancora in Dirigenza Unica e l’assuntoria di Manfredonia con deviatoi manuali e serratura centrale. Presente segnalamento luminoso di avviso e protezione, mentre risulta assente il segnalamento di partenza. Nel piano schematico è visibile il prolungamento verso la Fermata di Manfredonia Città ed il Binario verso il porto, entrambi oggi soppressi. Attualmente la linea è esercitata a spola e per tanto sono stati soppressi tutti i binari secondari dell’impianto nonchè il segnalamento
Il piano schematico pubblicato è da intendersi per tanto SCADUTO e, per tanto, non più utilizzabile ai fini dell’esercizio ferroviario.